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提高作物产量
有效菌可以分泌赤霉素、细胞分裂素、生长素等物质，可以刺激调节、促进作物的生长发育，利于作物增产。
施用微生物菌肥改善作物品质分解、释放多种中微量元素，可以使用作物更好的吸收，提高作物体内蛋白质，氨基酸、糖等含量。
施用微生物菌肥增强作物抗逆性
有效菌可以分泌多种抑菌物质、抗生素类物质和多种活性酶的功能，可以一直或杀死多种土传病害，降低病害发生的概率，增强作物抗旱、耐寒、抗倒伏及抗盐碱能力等，还可以有效预防作物生理性病害的发生。
施用微生物菌肥提高化肥利用率
有效菌可以分解土壤中的有机质，并且生成腐殖酸可与土壤中的氮形成腐殖酸铵，减少氮肥流失。叶虹时光微生物菌剂还具有很好的解磷、解钾的作用，可以将土壤中无效态的磷、钾转化为有效态的磷钾。
施用微生物菌肥改善土壤环境
有效菌可以促进土壤中难溶性养分的溶解和释放，提高土壤养分供应能力；分泌的胞外多糖可以增强土壤的团粒结构，疏松土壤，提高土壤通透性和保水保肥能力，增加土壤有机质的含量，改善土壤养分供应状况。
