（1）要认真理解微生物菌剂的功用与运用条件，有针对性的运用菌剂。固氮菌只能用于具固氮才能的豆科、牧草等作物，且不同作物所适用的菌种不一样；磷细菌、硅酸盐细菌适用缓效态磷、钾含量丰厚的土壤。 

　　（2）生物有机肥料必需深施入土，避免阳光直接映照杀伤微生物。 

　　（3）生物有机肥料最好集中运用在作物根部，微生物在作物根系四周构成有益生态环境，促进作物生长。 

　　（4）生物有机肥料不宜与杀菌剂或其它农药混合运用，以免影响肥效。 

　　（5）微生物菌肥适合施用的时间是清晨和黄昏或无雨阴天这样能够防止阳光中的紫外线将微生物杀死。

　　（6）微生物菌肥应防止高温干旱条件下运用。施用微生物肥料时要留意温、湿度的变化，在高温干旱条件下，微生物生存和繁衍会遭到影响，不能充沛发挥其作用。 

　　（7）微生物菌肥不能长期泡在水中，在水田里施用应干湿灌溉，促进微生物活动。以好气性微生物为主的产品，则尽量不要用在水田。严重干旱的土壤会影响微生物的生长繁衍，微生物菌肥合适的土壤含水量为50%-70%。 

　　（8）微生物菌肥能够单独施用，也能够与其他肥料混合施用。但微生物菌肥应防止与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的有机肥混用，会因高温杀死微生物，影响肥效。同时也要留意防止与过酸过碱的肥料混合运用。 

　　（9）微生物菌肥应防止与农药同时运用。化学农药都会不同水平地抑止微生物的生长和繁衍，以至杀死微生物。不能用拌过杀虫剂、杀菌剂的工具装微生物肥料。微生物肥料不宜久放，拆包后要及时施用，一次用完，包装袋翻开后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群发作改动，影响其运用效果。 

　　（10）防止自觉施用微生物菌肥。 

　　微生物菌肥主要是提供有益的微生物群落，而不是以提供矿质营养营养为主，因而微生物菌肥不可能完整替代常用肥料。 

　　（11） 留意微生物菌肥的肥效条件。 

　　微生物菌肥肥效的发挥既受其本身要素的影响，如肥料中所含有效菌数、活性大小等质量要素；又遭到外界其他因子的限制，如土壤水分、有机质、pH值等影响，因而微生物肥料从选择到应用都应留意合理性。